Основное назначение Центра – мониторинг и анализ основной (образовательной и научной) и иной финансово-хозяйственной деятельности подведомственных Минобрнауки России учреждений и предприятий; выполнение фундаментальных, поисковых и прикладных научных исследований; образовательная деятельность – подготовка кадров высшей квалификации, включая обучение аспирантов и соискателей учёных степеней, а также дополнительное образование; подготовка аналитических, экспертных и прогнозных материалов по приоритетным направлениям развития науки, технологий и техники для Минобрнауки России.

Основными видами деятельности Центра являются:

• проведение мониторинга основной (образовательной и научной) и иной финансово-хозяйственной деятельности подведомственных Минобрнауки России учреждений и предприятий в целях обеспечения экономической безопасности их деятельности;
• осуществление образовательной деятельности – подготовка кадров высшей квалификации, включая обучение аспирантов и соискателей учёных степеней, а также осуществление дополнительного образования по следующим специальностям: 08.00.05 «Экономика и управление народным хозяйством: экономика, организация и управление предприятиями, отраслями, комплексами» (по экономическим наукам); 05.13.01 «Системный анализ, управление и обработка информации (по отраслям)» (по техническим наукам);
• выполнение фундаментальных, поисковых и прикладных научных исследований в области экономики и управления народным хозяйством в части прогнозирования социально-экономического развития, государственного регулирования экономики и управления социально-экономическими процессами, а также системного анализа, управления и обработки информации;
• подготовка аналитических и прогнозных материалов, относящихся к сфере деятельности Центра, по приоритетным направлениям развития науки, технологий и техники;
• проведение экспертизы научно-исследовательских работ, выполняемых организациями, подведомственными Минобрнауки России;
• выполнение научно-исследовательских, опытно-конструкторских и технологических работ, направленных на развитие науки, проведение конверсионных научных исследований, участие в научных исследованиях и опытно-конструкторских работах в интересах обороны и безопасности страны;
• оказание научных, информационных, образовательных услуг организациям и предприятиям, подведомственным Минобрнауки России;
• проведение экспертизы диссертационных работ по специальностям 08.00.05 «Экономика и управление народным хозяйством: экономика, организация и управление предприятиями, отраслями, комплексами» (по экономическим наукам); 05.13.01 «Системный анализ, управление и обработка информации (по отраслям)» (по техническим наукам);
• организация издательской деятельности в сфере науки и технологий;
• осуществление внешнеэкономической деятельности, включая участие в разработке и реализации международных программ Российской Федерации;
• осуществление в установленном порядке работ, связанных с защитой государственной тайны и информации;
• осуществление научной и экономической экспертизы проектов организаций Минобрнауки России государственного значения и международных проектов в интересах Российской Федерации;
• организация и проведение научно-технических конференций.

Понимание современных внешних и внутрироссийских вызовов, приверженность корпоративным принципам позволяют в широком смысле определить миссию Центра как активное участие в решении задач формирования кадрового, научного, технологического и инновационного потенциала в сфере высоких технологий в интересах развития общества и государства, обеспечения национальной безопасности, а также удовлетворения потребностей личности в профессиональном, интеллектуальном, нравственном и творческом развитии.

Работниками Центра в долгосрочной перспективе (до 2025 года) должен быть создан научно-технический задел для обеспечения головной роли научного учреждения в стране по введению в практику передовых методов мониторинга деятельности государственных организаций науки и высшего образования Российской Федерации, гармонизированных с требованиями международных стандартов, которые исключают (минимизируют) возможность нецелевого и неэффективного использования средств федерального бюджета.